Przeglądasz:

kiero.net » AMISNS 2023/2024 » Biostatystyka
 Drukuj temat
Materiały do ćwiczeń
kiero
Materiały uzupełniające: - https://pogotowie...l/slownik/


1. Zajęcia organizacyjne - omówienie sylabusa i wymagań. Wprowadzenie do korzystania z baz danych, w tym naukowych serwisów internetowych. Wyszukiwanie i archiwizowanie konkretnej informacji za pomocą dostępnych narzędzi informatycznych
Wprowadzenie do przedmiotu. Podstawowe definicje, pojęcia i zagadnienia metodologiczne Biostatystyki. Powiązania Biostatystyki ze statystyką i informatyką oraz innymi dziedzinami nauki o człowieku, szczególnie w ujęciu z anatomią, antropologią, biomechaniką i fizjologią człowieka (prelekcja prowadzącego) - tu jest prezentacja: https://kiero.net...lb/pz1.pdf.
1. Arkusz kalkulacyjny i możliwości rejestracji danych oraz jako baza danych (weryfikacja umiejętności posługiwania się MS Excel'em):
a. Proszę uzupełnić arkusze wg zawartych tam poleceń - https://kiero.net...jezeli.xls
b. Proszę rozwiązać zadanie wykorzystując funkcję wyszukaj pionowo - https://kiero.net...ionowo.xls
c. Kalkulator żywieniowy - na bazie tego pliku https://kiero.net...zakal.xlsx zaprojektuj swój kalkulator żywieniowy - zliczający dodatkowo wybrane składniki mineralne i witaminy. Uwaga - arkusze są chronione (brak hasła), więc w celu edycji, należy odznaczyć uprzednio opcję ->NIE CHROŃ ARKUSZA
2. Rozwiązana (pliki uprzednio spakowane do ZIP) prześlij jako jeden plik na @ prowadzącego. Twoja aktywność zostanie odnotowana w dokumentacji przedmiotu.

2. Proste pomiary człowieka i rejestracja wyników badań
1. Zapoznaj się z prezentacją: https://kiero.net...r/czas.ppt
2. Pobierz pliki w celach edukacyjnych i rozpakuj na swoim komputerze z systemem Windows: https://kiero.net...eakcja.zip
3. Zapoznaj się z instrukcją obsługi programu: https://kiero.net...Testu.html
oraz zobacz film wprowadzający: https://kiero.net..._Wstep.mpg, instruktaż reakcja prosta: https://kiero.net...Prosta.mpg i instruktaż reakcja złożona: https://kiero.net...lozona.mpg
4. Wykonaj na sobie pomiar (test) szybkości reakcji prostej i złożonej (10 sygnałów)
5. Sfotografuj lub zapisz uzyskane wyniki.
6. Pobierz plik raportu badań: https://kiero.net...raport.xls
7. Otwórz pobrany plik raport.xls i w wierszu [REAKCJA PROSTA] i [REAKCJA ZŁOŻONA] wpisz 10 kolejnych zapisanych swoich pomiarów w przeliczeniu na milisekundy, tj. jeżeli masz zapisany wynik np. 0,228 to w arkuszu wpisz 228, jeżeli jest to 0,25, to należy wpisać 250, jeżeli 0,3, to adekwatnie zapisujemy jako 300 itd.
Zapoznaj się ze statystykami swoich wyników i wydrukuj swój raport do pliku PDF
8. Prześlij wykonany plik (PDF) na adres @ Prowadzącego - Twoja aktywność zostanie odnotowana w dokumentacji przedmiotu.

UWAGA: pobrany program do pomiarów reakcji jest wyłącznie w celach edukacyjnych, proszę po wykonaniu zadania usunąć go z swoich nośników pamięci.

W wolnym czasie zapoznaj się/przestudiuj poniższe opracowanie/a na temat szybkości reakcji ruchowej człowieka:
Raport z badań - Konferencja Anima: https://kiero.net.../anima.pdf

3. Bibliograficzne bazy publikacji (wyszukiwanie danych bibliograficznych w bazach typu Medline oraz Scopus i Web of Science, obsługa interfejsów wymienionych typów baz, składnia zapytań)
1. Prezentacja internetowych baz publikacji naukowych - (https://kiero.net...etfile=121 + prelekcja prowadzącego).
2. W arkuszu kalkulacyjnym wykonanie zestawienia adresów i tagów informacyjnych baz publikacji (np jaka jest forma dostępu do tych baz) - pobierz plik: https://kiero.net...etfile=120
a. Pierwszy arkusz: Medline/Pubmed, Scopus, Web of Science, Research Gate, Google Scholar, Expertus/Ebsco, Orcid, Loop, Sciprofiles itp.
b. Drugi arkusz: Publish or Preish (https://harzing.c...-or-perish) - wyszukiwanie artykułów tematycznych, ich identyfikacja i rejestracja w formie tabeli danych.
3. Prześlij wykonany plik na adres @ Prowadzącego - Twoja aktywność zostanie odnotowana w dokumentacji przedmiotu.

4. Badania prospektywne i retrospektywne, randomizowane i kliniczno-kontrolne, opisy przypadków i badania eksperymentalne
1. Wprowadzenie do wybranych rodzajów badań naukowych (prezentacja: https://kiero.net...lb/pz4.pdf - prelekcja prowadzącego, artykuł uzupełniający: https://kiero.net.../artz4.pdf).
2. Wykonanie zestawienia w arkuszu kalkulacyjnym, w oparciu o Publish or Preish, wykazu 10-najczęściej cytowanych publikacji lekarskich (krajowych lub zagranicznych) w kategoriach badań: prospektywnych, retrospektywnych, eksperymentalnych na próbach losowych i eksperymentalnych na próbach kliniczno-kontrolnych - pobierz plik: https://kiero.net...kacji.xlsx.
3. Prześlij wykonany plik na adres @ Prowadzącego - Twoja aktywność zostanie odnotowana w dokumentacji przedmiotu.

5. Wprowadzenie do statystyki opisowej. Szeregowanie, porządkowanie, podziały i miary położenia podziałów (minimum, maksimum, kwartyle, mediana). Szeregowanie badań według wiarygodności i jakości dowodów naukowych.
1. Wprowadzenie do wiarygodności badań naukowych oraz statystyki opisowej i miar położenia (prezentacja: https://kiero.net...lb/pz5.pdf - prelekcja prowadzącego).
2. Zadanie/ćwiczenie:
a. Przestudiuj jak można rozwiązać zadanie z pliku: https://kiero.net...tyka_1.pdf i jego dane: https://kiero.net...getfile=22.
b. W arkuszu kalkulacyjnym: https://kiero.net...gramy.xlsx - na podstawie przykładu wykonaj zestawienie dla dowolnie wybranych 2-kolumn z pliku dane: https://kiero.net.../dane.xlsx
c. W kolejnym arkuszu kalkulacyjnym: https://kiero.net...nking.xlsx, wykonaj wykaz przykładowych/dowolnych 12-polskich publikacji lekarskich, szeregując je w kolejności od najbardziej wiarygodnych do mniej wiarygodnych. Kryteria szeregowania publikacji przydzieli prowadzący ćwiczenia.
3. Prześlij wykonane pliki na adres @ Prowadzącego - Twoja aktywność zostanie odnotowana w dokumentacji przedmiotu.

6. Dobieranie odpowiedniego testu statystycznego, przeprowadzanie podstawowych analiz statystycznych; posługiwanie się odpowiednimi metodami przedstawiania wyników.
1. Prezentacja-prelekcja Prowadzącego - https://kiero.net.../z1s2l.pdf
2. Zadanie w arkuszu kalkulacyjnym/Jamovi:
a. pobierz plik z danymi (Excel): https://kiero.net...dane2.xlsx
b. W Excelu (za przykładem przedstawionym przez Prowadzącego) przeprowadź podstawowe statystyki dla zmiennych ciężar (X) i wysokość ciała (Y): liczebność, minimum, kwartyl 1, mediana, średnia arytmetyczna, kwartyl 3, maksimum, korelacja Pearsona, wykonaj wykres interakcji zmiennych XY, wyświetl linię i równanie regresji na wykresie, opisz i sformatuj estetycznie wykres (tytuł, osie, znaczniki itp.). Wykonaj estetyczny raport z przeprowadzonej analizy statystycznej. Zapisz i zamknij wykonany/e plik/i. Pamiętaj aby (patrz punkt 4.) plik/i finalnie przesłać na @ Prowadzącego.
3. W Jamovi zaimportuj wcześniej pobrany plik z danymi (Excel: https://kiero.net...dane2.xlsx).
a. sprawdź i uporządkuj zmienne (Variables), usuń niepotrzebne kolumny, edytując kolumny zmiennych sprawdź/nadaj im format liczbowy (Continuous/Decimal),
b. przeprowadź podstawową analizę statystyczną dla zmiennych ciężar (X) i wysokość ciała (Y) zestawiając (w Exploration): liczebność, minimum, kwartyl 1, mediana, średnia arytmetyczna, kwartyl 3, maksimum, zbadaj Normalność rozkładu zmiennych (Normality) oraz zestaw wykresy typu Histogram i Box.
c. w zakładce Analyses/Regression dokonaj analizy interakcji zmiennych XY (Correlation Matrix): zestaw tabelę korelacji Pearsona i Kendall's Tau-b z dodatkowymi opcjami (sygnatury i flagi), wyświetl wykres (Plot) zaznaczając wszystkie opcje.
d. Wykonany raport zapisz do pliku PDF.
4. Rozliczenie ćwiczenia: przesłać wykonane pliki jako załącznik na @ Prowadzącego oraz w treści listu przedstawić krótki opis/swoją interpretację otrzymanych wyników z przeprowadzonej analizy. Na tym etapie Twoja interpretacja nie będzie oceniana, lecz posłuży przyszłościowo jako swoisty układ odniesienia efektów edukacyjnych.

7 część I. Interpretowanie wyników metaanalizy i przeprowadzanie analiz prawdopodobieństwa przeżycia.
1. Prezentacja-prelekcja Prowadzącego: https://kiero.net...etfile=128
2. Zadanie w Jamovi.
a. Uruchom Jamovi i sprawdź/zainstaluj niezbędne moduły: patrz przykład: https://kiero.net...b/Jsuv.pdf
b. Z arkusza Dane pliku Excela (https://kiero.net...aplar.xlsx) wklej do arkusza danych Jamovi kolumny A,B,C. Uporządkuj zmienne (Variables), edytując kolumny zmiennych nadaj im właściwy format (Nominal/Text,Continuous/Decimal), usuń niepotrzebne wiersze - patrz przykład: https://kiero.net.../JSuv1.pdf.
c. Wykonaj podstawowe statystyki opisowe (liczebność, minimum, kwartyl 1, mediana, kwartyl 3, maksimum) z wykresem typu Box oraz przeprowadź analizę przeżycia dla grupy leczonej (L) i nieleczonej (N) (ikona Survival - Multivariable Survival Analysis). Wygeneruj przykładowe wykresy Hazards Regression i Kaplan-Meier. Zobacz przykładowy efekt: https://kiero.net.../JSuv2.pdf.
d. Wykonany raport zapisz do pliku PDF.
e. Poeksperymentuj zmieniając w kolumnie [Zgon] wartości NIE/TAK w grupie L(leczonych), obserwując jak zmienia się statystyka raportu (szczególnie wartość "p" - "prawdopodobieństwa", czy p jest <0,05, odkryj kiedy "p" bywa bliskie wartości 1?.
f. Na podstawie eksperymentów (punkt e.) przedstawić krótki opis/swoją interpretację otrzymywanych wyników w osobnym dokumencie programu Word.

7 część II. Problemy badawcze dotyczące powiązań zmiennych ilościowych: wysokość ciała, ciężar ciała, BMI i szybkości reakcji ruchowej z uwzględnieniem porównań międzypłciowych). Wskaźnik BMI, zmienne grupujące, statystyki opisowe, korelacja Pearsona, test t-Studenta. Interpretacja własnych wyników na tle grupy badanej.
1. Prezentacja-prelekcja Prowadzącego: https://kiero.net...etfile=129
2. Omówienie arkusza
https://kiero.net...nazwa.xlsx)
a. Pobierz plik (https://kiero.net...nazwa.xlsx), wykonaj niezbędne pomiary na sobie (program do pomiarów czasów reakcji) i w pierwszym wierszu zakładki BADANIE uzupełnij swoje dane w pliku grupal2twoja_nazwa.xlsx. Zapisz swój plik nadając jemu nazwę grupaL2Nazwisko.xlsx
b. W zakładce WYNIKI porównaj Siebie (swój wiersz nr 1) z innym badanym (dowolny wiersz nr od 2 do 32).
c. Na podstawie przykładu wykorzystania słów/opisów jakościowych z tabeli punktowej (zakładka WYNIKI) dokonaj w nowym dokumencie programu Word interpretacji/porównania Swoich wyników. Zapisz dokumenty i finalnie prześlij je na @ Prowadzącego.

3. Zadanie w Jamovi - praca na swoim pliku grupaL2Nazwisko.xlsx
a. W Jamowi zaimportuj zakładkę DANE pliku arkusza kalkulacyjnego (grupaL2Nazwisko.xlsx) i zweryfikuj poprawność przesłanych danych. (UWAGA: aby do Jamowi zaimportowały się dane z zakładki DANE, musisz wcześniej zapisać Swój plik Excela, widząc/będąc faktycznie w zakładce DANE.)
Następnie wykorzystując ten algorytm: https://kiero.net...ortym3.pdf wykonaj raport porównawczy. Raport zapisz do pliku PDF. Przejrzyj swój raport i spróbuj odpowiedzieć na pytania:
Czy występują różnice pomiędzy badanymi ze względu na płeć?
oraz
Czy istnieje istotny statystycznie związek pomiędzy badanymi zmiennymi: Ciężar ciała, Wysokość ciała, w.tr.p., w.tr.z.?
b.Zapisz zadanie w Jamovi formie raportu PDF, a odpowiedzi na pytania opisz/udziel, uzupełniając poprzedni Swój dokument programu Word.

4. Rozliczenie zadania - przesłać pliki 4 pliki (2xPDF, 2xdocx) w załączniku na @ Prowadzącego.

8. Planowanie i wykonywanie prostych badań naukowych (Problem badawczy dotyczący analizy zmiennych jakościowych: płeć, opinie ankietowe/kwestionariuszowe, analiza rzetelności).
Zmienne i narzędzia statystyczne https://kiero.net...etfile=132
1. Prezentacja-prelekcja Prowadzącego - forma bezpośrednia/interaktywna w trakcie zajęć
2. Zadanie w arkuszu kalkulacyjnym/Jamovi - na podstawie pliku https://kiero.net...etfile=149 - w pliku grupa3LTwoja_nazwa.xlsx wypełnij Swoje dane (wiek, ciężar i wysokość ciała, szybkość i błędy reakcji), zmień/określ swój wybór ("Kolor Auta", Barwa oczu", Barwa włosów" ) w wierszu opisującym Ciebie. Na podstawie zaleceń Prowadzącego i algorytmu (https://kiero.net...etfile=132) wykonaj weryfikację pytań badawczych i udziel odpowiedzi na nie w dokumencie Word, finalnie skonwertowanym do formatu PDF:
1. Czy grupa/y (w tym przypadku ćwiczeniowa/dziekańska) różni się/różnią się względem: wieku kalendarzowego, wysokością, ciężarem ciała i BMI oraz pod względem wyników z testu szybkości reakcji? (wykorzystaj test ANOVA - one-way, w pozostałych odpowiedziach wybierz T-Tests).
2. Czy wiek<25 lat różnicuje badanych ze względu na: wysokość, ciężar ciała i BMI oraz ze względu na wyniki z testu szybkości reakcji?
3. Czy płeć różnicuje badanych ze względu na: wiek życia, wysokość, ciężar ciała i BMI oraz ze względu na wyniki z testu szybkości reakcji?
4. Czy BMI<25 różnicuje badanych ze względu na: wiek życia, wysokość, ciężar ciała oraz ze względu na wyniki z testu szybkości reakcji?
5. Czy „Kolor Auta” różnicuje badanych ze względu na: wiek życia, wysokość, ciężar ciała i BMI oraz ze względu na wyniki z testu szybkości reakcji?
6. Czy „Barwa oczu” różnicuje badanych ze względu na: wiek życia, wysokość, ciężar ciała i BMI oraz ze względu na wyniki z testu szybkości reakcji?
7. Czy „Barwa włosów” różnicuje badanych ze względu na: wiek życia, wysokość, ciężar ciała i BMI oraz ze względu na wyniki z testu szybkości reakcji?[/i]
Odpowiedzi szukamy w statystykach komputerowego poziomu prawdopodobieństwa p<0.05 dla testu T-Tests (np. w Jamovi)
• np. dla p>0,05 - nie ryzykujemy i stwierdzamy, że nie powinniśmy mówić o średnich różnicach pomiędzy porównywanymi zmiennymi ze względu na „zmienną grupującą” (np.: płeć, wiek, BMI, etc.)
• np. dla p<0,05 - przyjmujemy ryzyko błędu poniżej 5% i stwierdzamy, że można określić, że istnieją statystyczne różnice w porównywanych średnich arytmetycznych ze względu na „zmienną grupującą” (np.: płeć, wiek, BMI, etc.)


Porównując zmienne jakościowe/grupujące możemy wykorzystać statystykę typu „Chi Kwadrat”. Gdy mamy do porównania profil, tj. więcej niż dwie wartości z pomiaru to należy/można zastosować test Chi2 dla prób niezależnych - w Jamowi znajdź ikonę Frequencies i dalej Independent Samples dla Chi2 - Test of asso... .
1. Czy grupy dziekańskie nie różnią się w liczbie popełnianych błędów w teście reakcji złożonej?
2. Czy osoby w wieku poniżej 25 lat nie różnią się w liczbie popełnianych błędów w teście reakcji złożonej?
3. Czy osoby ze względu na płeć nie różnią się w liczbie popełnianych błędów w teście reakcji złożonej?
4. Czy osoby ze względu na BMI<25 nie różnią się w liczbie popełnianych błędów w teście reakcji złożonej?
5. Czy osoby ze względu na „Kolor Auta” nie różnią się w liczbie popełnianych błędów w teście reakcji złożonej?
6. Czy osoby ze względu na „Barwę oczu” nie różnią się w liczbie popełnianych błędów w teście reakcji złożonej?
7. Czy osoby ze względu na „Barwę włosów” nie różnią się w liczbie popełnianych błędów w teście reakcji złożonej?


Porównując układ zmiennych/grupujących 2x2 (macierz 2x2) możemy/najłatwiej skorzystać z testu Chi2 dla zmiennych/prób sparowanych (wersja McNemar test) Obecnie dla grup dziekańskiej (3-grupy) wykorzystujemy jw. czyli Frequencies i dalej Independent Samples dla Chi2 - Test of asso....
Czy zmienna grupująca względem innej kategorii grupowania nie decyduje o różnicach badanej grupy?
1. Czy badane grupy nie różnią się ze względu na wiek <25 ?
2. Czy badane grupy nie różnią się ze względu płeć ?
3. Czy badane grupy nie różnią się ze względu na BMI <25 ?
4. Czy badane grupy nie różnią się ze względu na „Kolor Auta” ?
5. Czy badane grupy nie różnią się ze względu na „Barwę oczu” ?
6. Czy badane grupy nie różnią się ze względu na „Barwę włosów” ?

Adekwatnie jak wyżej dokonujemy weryfikacji dla poniższych zapytań porównując układ zmiennych/grupujących w układzie 2x2 (macierz 2x2) czyli możemy/najłatwiej skorzystać z testu Chi2 dla zmiennych/prób sparowanych (wersja McNemar test):
1. Czy badani w wieku poniżej 25 lat nie różnią się ze względu płeć ?
2. Czy badani w wieku poniżej 25 lat nie różnią się ze względu na BMI <25 ?
3. Czy badani w wieku poniżej 25 lat nie różnią się ze względu na „Kolor Auta” ?
4. Czy badani w wieku poniżej 25 lat nie różnią się ze względu na „Barwę oczu” ?
5. Czy badani w wieku poniżej 25 lat nie różnią się ze względu na „Barwę włosów” ?
6. Czy płeć badanych nie różnicuje ich ze względu na BMI <25?
7. Czy płeć badanych nie różnicuje ich ze względu „Kolor Auta” ?
8. Czy płeć badanych nie różnicuje ich ze względu na „Barwę oczu” ?
9. Czy płeć badanych nie różnicuje ich ze względu na „Barwę włosów” ?

Uwaga: Zbadaj czy deklarowany kolor i barwa nie różnicuje badanych z tego względu?

3. Rozliczenie zadania - przesłać pliki (raport Jamovi PDF i odpowiedzi na pytania plik Word w PDF) w załączniku na @ Prowadzącego. Na tym etapie liczy się kompletność udzielonych odpowiedzi na pytania badawcze, poprawność odpowiedzi nie będzie oceniana, lecz zostanie omówiona.

9. Interpretacja wyników badań naukowych i wyciąganie wniosków (Problem badawczy dotyczący powiązań wielu zmiennych ilościowych/jakościowych z wykorzystaniem testu t-studenta i jednoczynnikowej analizy wariancji - ANOVA).
1. Prezentacja-prelekcja Prowadzącego - https://kiero.net...etfile=136 - (Uwaga! dokument zawiera zamierzone błędy sformułowań, błędy słowne i literówki. Błędy zostaną omówione w trakcie ćwiczeń)
2. Zadanie w arkuszu kalkulacyjnym/Jamovi
Na medyczne badania zgłaszały się osoby narzekające na zawroty głowy i osłabienie pod wpływem małego wysiłku lub zdenerwowania.
Na początku zarejestrowano płeć i wiek badanych, wysokość ciała, ciężar ciała, obliczono ich BMI>25, następnie zmierzono (badanie przed leczeniem): ciśnienie skurczowe, ciśnienie rozkurczowe, tętno spoczynkowe. Po dekretacji danych wejściowych badanego zastosowano/podano badanym lek X [l.x.].
Po 24-godzinach od podania leku X badanym, ponownie zmierzono i zanotowano wyniki (badanie po leczeniu): ciśnienie skurczowe, ciśnienie rozkurczowe, tętno spoczynkowe.


Ćwiczenie polega na statystycznym udokumentowaniu wyników badań do interpretacji i udzielenia odpowiedzi na poniższe pytania i hipotezy badawcze.


a. Do pierwszego etapu pracy w arkuszu testt.xlsx https://kiero.net...testt.xlsx znajdziesz wyniki badań ciśnienia tętniczego i spoczynkowego, rytmu serca przed i po użyciu l.x. oraz opis zmiennych.
Zestawiono następujące pytania badawcze:
A. Czy badane kobiety osiągają wyższe wyniki od badanych mężczyzn?
B. Czy badani mężczyźni osiągają wyższe wyniki od badanych kobiet?
C. Czy występują różnice w wynikach badanych ze względu na płeć?
D. Czy występują różnice w wynikach badanych ze względu na BMI>25?
E. Czy uległy zmianie wyniki badanych kobiet po podaniu leku X?
F. Czy uległy zmianie wyniki badanych mężczyzn po podaniu leku X?
G. Czy uległy zmianie wyniki badanych po podaniu leku X?


b. Do dalszej pracy w arkuszu anova.xlsx (https://kiero.net...anova.xlsx) znajdziesz w/w wyniki w odpowiednim układzie tzw. przypadków.
Zestawiono następującą hipotezę badawczą:
H1. Lek X nie wpływa na zmianę ciśnienia i tętna spoczynkowego.

3. Rozliczenie zadania - przesłać sformatowany edytorsko dokument z przeprowadzonej analizy i interpretacji wyników badań na @ Prowadzącego. Na tym etapie liczy się możliwie pełne udzielenie, zweryfikowanych statystycznie, odpowiedzi oraz obiektywna interpretacja wyników.

10. Zajęcia zaliczeniowe
1. Indywidualnie - na otrzymanym pendrive rozwiązanie 10 zadań problemowych w arkuszu/Jamovi.
2. Rozliczenie zadań problemowych - oddanie pendrive z wykonanym plikiem.
3. Informacje końcowe/organizacyjne.
kiero udostępnia pliki:
grupal2twoja_nazwa.xlsx [40.36kB / 47 Pobrane]
grupal3twoja_nazwa.xlsx [13.94kB / 106 Pobrane]

Edytowane przez kiero dnia 17-05-2024 13:38
Administrator
 
https://kiero.net
Przejdź do:
Wygenerowano w sekund: 0.26
413,260 unikalne wizyty